Departemen Keagamaan PPI Malaysia adalah bagian organisasi yang fokus pada aspek spiritual dan agama bagi anggota mahasiswa Indonesia di Malaysia. Departemen ini bertujuan untuk menyediakan lingkungan yang mendukung bagi para mahasiswa Indonesia untuk menjalankan praktik keagamaan mereka, memperdalam pemahaman agama, serta memfasilitasi kegiatan keagamaan dan spiritual yang relevan dan bermanfaat.